可视化mhd文件格式的DICOM图像序列

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因为DICOM图像通常是一个序列,普通的dcm格式的图像序列可以直接使用DICOM图像查看软件打开进行查看;但mhd格式的3D图像却无法方便地查看。但为了研究方便,可视化mhd图像文件是绕不开的一项任务。

具体来说,在Python下可视化图像可以选择使用matplotlib,也可以用OpenCV将其保存查看,都非常方便。不过有些细节问题则需要特别注意。下面对这些进行一下简单记录,以防遗忘。

在 2017-05-25 发布于 人工智能 类别下以来已有384人读过本文
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Python下使用SimpleITK处理DICOM文件备忘

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随着最近几大肺部图像处理相关的竞赛的推出,如LUNA16Kaggle Data Science Bowl,AI领域的科研人员对肺部CT图像变得越来越熟悉,尤其是DICOM序列,以及这些竞赛官方所提供的mhd数据格式。

ITK是一个功能很强大的医学图像处理公开库,搭配VTK用以显示图像,可以实现几乎所有医学图像处理的功能需要。ITK通常以C++包进行提供,当然也可以自己编译为Python包,不过编译过程比较繁琐耗时,而且很容易踩坑。但ITK官方进行的Python封装SimpleITK,则直接可以拿来使用;虽然有部分ITK的功能没有包含,但已基本够用了。我们在处理医学图像时,使用的基本都是SimpleITK。

本文就简单总结一下我们在处理这些图像时的经验,以便备忘,并为后来者参考。

在 2017-05-24 发布于 人工智能 类别下以来已有548人读过本文
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Python正则表达式简记

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正则表达式听起来有些让人头痛,但有时候又特别有用,尤其是一些程序中,其更是避不开的存在。不过Python提供了一个方便使用和处理正则表达式的包——re模块,使得在Python中使用正则表达式十分方便。可虽然如此,对正则表达式还是需要进行一番学习,方能在使用时得心应手,挥洒自如。

虽然目前我对正则表达式的学习和掌握还远远达不到这个境界,不过以目前的掌握,也已经足够在写代码时使用了。下面就对这些东西进行一下记录,以方便以后复习和使用。

在 2017-04-22 发布于 人工智能 类别下以来已有322人读过本文
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WordPress中inline和code block代码高亮插件使用备忘

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最近因为博文中需要使用大量代码,而视同普通文字的代码排版着实让人头痛,所以一直物色着一个代码高亮插件。

但是我又一直懒得折腾,趁闲暇之余试过几个WordPress的代码高亮插件,却大多功能太过简单,根本不能符合要求;或者是与我的博客主题略有冲突,造成无法使用,甚至对以往的博文造成影响。还好,最终发现了一款不错的插件,一番折腾之后,终于可以正常使用了,所以记录一下,以备以后遗忘之时查询。

这款插件的名字是Crayon Syntax Highlighter。

在 2017-04-20 发布于 网站相关 类别下以来已有300人读过本文
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Python之pickle应用简记

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在Python程序中,有时候会需要对一些数据进行保存,而Python的pickle模块就是专门用来对数据进行序列化的。需要说明的是Python还有一个cPickle模块,其与pickle具有相同的功能,但因为其是C语言进行实现的,效率上相比pickle要好很多,所以可以使用cPickle完全替代pickle。

下面简单记录几个例子,以便备忘,可以在用到时直接查询、模仿使用。

在 2017-04-20 发布于 人工智能 类别下以来已有297人读过本文
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让Ubuntu系统的Terminal通过Shadowsocks科学上网

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Ubuntu上使用Shadowsocks访问被屏蔽的网站已经十分方便了,但是有时候在Terminal上执行命令访问某些被屏蔽的网址时,比如googleapi.com,或者某些即使没有屏蔽但速度很慢的网站时,还是需要在Terminal上科学上网的。

可我试图用很多人推荐的安装polipo的方式去弄,安装配置都完全按照推荐的方式去做,却始终没有成功。所幸,今天同事找了另一种方法,安装Proxychains,最终成功了,故记录一下,以防忘记。

1.安装Proxychains

sudo apt-get install proxychains

在 2017-03-14 发布于 人工智能 类别下以来已有657人读过本文
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小女取名记

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其实从年初老婆怀孕,我们就开始酝酿孩子的名字了。不过因为提前并不知道是个女孩儿还是男孩儿,而且也并不能提前预知孩子的五行八字,所以对名字的思考仅只限于思考而已。作为与老婆的闲聊之资,我们也偶尔会对未来畅想,宝宝叫什么好呢?

最初因为我们有一个自古排过来的辈分,到孩子这儿,辈分是“德”,而我和老婆恰恰对这个字都比较喜欢,所以取名就变成了选字。而当然,这任务就跑到了我的头上。当时为了让老婆开心,我也煞费苦心凭空选择了许多。最后,经老婆拍板,选择了“xian”字;这样,如是女孩儿,可以叫娴;若是男孩儿,可以取贤。两个字都还算可以,不算太俗,也不生疏,而且直接称呼小xian为小名,似乎也算不错。我们就这样初步确定了名字。

在 2017-01-07 发布于 经验知识 类别下以来已有645人读过本文
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VSCode using git accompanied with github or Visual Studio online

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VSCode with github:

1、在github上创建项目

2、使用git clone https://github.com/xxxxxxx/xxxxx.git克隆到本地

3、编辑项目

4、git add . (将改动添加到暂存区)

在 2016-12-07 发布于 经验知识 类别下以来已有786人读过本文
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Ubuntu:远程复制文件、远程图形界面、恢复误删文件

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最近一段时间在Ubuntu的使用中积累了一些不能算是经验的经验,为防以后忘记,再浪费精力搜寻解决途径,现在做一下简单备忘。

1.远程登录

首先是关于远程登录的一些操作。

在 2016-12-05 发布于 经验知识 类别下以来已有829人读过本文
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VSCode配置备忘

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Visual Studio Code (VSCode)是微软开源的一款跨平台编辑器,顾名思义,其相当于在Visual Studio 集成开发环境的基础上精简而来的代码编辑器。因为其开源、跨平台的特性,又由于其各种响应速度,而且背靠微软这棵大树,所以我在Ubuntu上选择它作为我的Python程序编辑器。而搭配上Python调试插件,更可以直接进行程序调试,基本上能够满足我的需求。

因为VSCode的各种参数设置与众不同,所以以下简单备忘一下我的VSCode的配置文件(通过File->Preferences->User Settings打开):

在 2016-12-03 发布于 经验知识 类别下以来已有1,413人读过本文
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