可视化mhd文件格式的DICOM图像序列

尚无评论

因为DICOM图像通常是一个序列,普通的dcm格式的图像序列可以直接使用DICOM图像查看软件打开进行查看;但mhd格式的3D图像却无法方便地查看。但为了研究方便,可视化mhd图像文件是绕不开的一项任务。

具体来说,在Python下可视化图像可以选择使用matplotlib,也可以用OpenCV将其保存查看,都非常方便。不过有些细节问题则需要特别注意。下面对这些进行一下简单记录,以防遗忘。

在 2017-05-25 发布于 人工智能 类别下以来已有1,462人读过本文
阅读全文

Python下使用SimpleITK处理DICOM文件备忘

尚无评论

随着最近几大肺部图像处理相关的竞赛的推出,如LUNA16Kaggle Data Science Bowl,AI领域的科研人员对肺部CT图像变得越来越熟悉,尤其是DICOM序列,以及这些竞赛官方所提供的mhd数据格式。

ITK是一个功能很强大的医学图像处理公开库,搭配VTK用以显示图像,可以实现几乎所有医学图像处理的功能需要。ITK通常以C++包进行提供,当然也可以自己编译为Python包,不过编译过程比较繁琐耗时,而且很容易踩坑。但ITK官方进行的Python封装SimpleITK,则直接可以拿来使用;虽然有部分ITK的功能没有包含,但已基本够用了。我们在处理医学图像时,使用的基本都是SimpleITK。

本文就简单总结一下我们在处理这些图像时的经验,以便备忘,并为后来者参考。

在 2017-05-24 发布于 人工智能 类别下以来已有2,210人读过本文
阅读全文